Znanstveno raziskovanje je osrednja dejavnost inštituta. Doslej je inštitut opravil 147 raziskav. Glavna področja raziskovalnega dela so: kriminologija, kriminaliteta in odklonskost, kriminalitetna politika, kazensko materialno in procesno pravo, mednarodno in evropsko kazensko pravo, delovanje kazenskega pravosodja, kriminalistika in policijske vede, penologija, viktimologija, mladoletniško prestopništvo in obravnavanje mladoletnih prestopnikov, družbeno nadzorstvo, človekove pravice, pravice otrok, psihoanaliza odklonskosti idr. Po utečenih klasifikatorjih lahko raziskave opredelimo kot teoretične, temeljne, uporabne, primerjalne, zgodovinske, empirične, longitudinalne, akcijske, kvalitativne, kvantitativne idr. Inštitut skuša s svojo raziskovalno politiko slediti razvoju sodobne kriminalitete in odzivom nanjo, raziskovati aktualne probleme in spremljati kriminološke trende v svetu.

Nove oblike kriminalitete in odzivi nanjo terjajo nova raziskovanja pa tudi povezovanje z drugimi ustanovami. Inštitut se tradicionalno vključuje v mednarodno raziskovanje, zlasti pa sodeluje pri različnih mednarodnih primerjalnih študijah. Vključitev Slovenije v EU je za inštitut nov izziv, ki bo zahteval še večjo mednarodno angažiranost raziskovalcev.